シラバス Syllabus	医学学位プログラム
科目名・科目番号 Subjects・Course Number	0BTNE31 / ゲノム環境医学特論I	0BTNE35 / ゲノム環境医学演習I	0BTNE39 / ゲノム環境医学実験実習I
	0BTNE33 / ゲノム環境医学特論Ⅱ	0BTNE37 / ゲノム環境医学演習II	0BTNE3B / ゲノム環境医学実験実習II
研究分野 Laboratories	ゲノム生物学	ゲノム生物学	ゲノム生物学
使用言語 Language used （Japanese,  English,  Bilingual）	バイリンガル	バイリンガル	バイリンガル
他研究室学生の受け入れの可否（〇×） Availability for Students from Other Lab.	○可	○可	応談
他研究室学生の参加に関する問い合わせ先 Contact Information for Students from Other  Lab.	村谷匡史、muratani	村谷匡史、muratani	村谷匡史、muratani
授業形態 Course Type	講義、討論	演習	実験・実習
標準履修年次 Year	1・2年次	1・2年次	1・2年次
実施学期・曜時限等 Semester,Day and Period	特論Ⅰ春学期　/　特論Ⅱ秋学期	演習Ⅰ春学期　/　演習Ⅱ秋学期	実験実習Ⅰ春学期　/　実験実習Ⅱ秋学期
開講場所 Room Number	セミナー室、他	セミナー室、他	セミナー室、他
単位数 Credit	Ⅰ：2単位、Ⅱ：2単位	Ⅰ：2単位、Ⅱ：2単位	Ⅰ：2単位、Ⅱ：2単位
担当教員名・オフィスアワー等	（事前にメールで連絡すること）	（事前にメールで連絡すること）	（事前にメールで連絡すること）
Faculty Members and E-mail	村谷　匡史: muratani	村谷　匡史: muratani	村谷　匡史: muratani
授業概要 Course Overview	主に下記に挙げるゲノミクス分野において、各自で行う研究の結果を発表し、教員及び学生で議論する。 ・宇宙医学・生物学分野におけるゲノミクス解析 ・血漿中セルフリーDNAおよびRNAのプロファイリングによる体内組織モニタリング法の開発と環境応答研究への応用 ・微量臨床検体のゲノム・エピゲノム統合解析	論文発表、および学内外で行われているゲノミクス解析（RNAseq、ChIPseq、Exome解析）の実例を学び、検体処理や生データからの標準的な解析手法を理解し、共同研究に応用できる知識と手技を身につける。	公開されているバイオインフォマティクス解析ツールの使用方法を学び、各自の研究に有用なものを例にトラブルシューティングや応用法を経験する。
学位プログラム・コンピテンスとの関係Competence （学位P共通）	【汎用】知の創成力、コミュニケーション能力 【専門】研究課題設定力、先端研究遂行力、専門知識運用力情報発信力、	【汎用】知の創成力、コミュニケーション能力 【専門】研究課題設定力、先端研究遂行力、専門知識運用力情報発信力、	【汎用】知の創成力 【専門】先端研究遂行力、専門知識運用力情報発信力、
授業の到達目標（学修成果） Course Objectives (Learning Outcomes) ←SBO(Specific Behavior Objectives	１．各自の研究テーマの科学的、社会的重要性を定義し、他者に効果的に説明できること。 ２．研究の遂行に必要なデータの取得とインフォマティクス手法の使用において試行錯誤を行い、高いレベルの知識と手技を身に着けること。 ３．研究にかかわる様々な制約を理解したうえで、データや解析結果の意義や解釈におけるリスクを評価し、発表できること。	1．他の研究例から、RNAseq、ChIPseq、Exome解析（変異検出）の概略を理解する。 2．生データからの解析ワークフローを理解する。 3．RNAseqでは、定量、統計解析およびパスウェイ解析等を実際のデータを用いて理解することで、同様の解析を幅広いプロジェクトに応用できるようにする。 4．Exome解析では、変異コールの評価方法や機能的意義づけに関する解析ツールを用いた解析を理解する。	1．データベース検索により、各自研究テーマに有用なデータを収集し、過去にどのような解析が行われてきたかを把握する。 2．既存の解析ツールを組み合わせ、ワークフローを構築し、実際のデータを用いて機能を検証する。 3．解析結果の考察から新しいデータ解析手法を考案し、そのための技術開発の方針を提案する。
キーワード Keyword	ゲノミクス、バイオインフォマティクス、データベース、実験自動化	ゲノミクス、バイオインフォマティクス、データベース、実験自動化	ゲノミクス、バイオインフォマティクス、データベース、実験自動化
授業計画 Course Schedule 第1回（月日、時限）担当教員名　講義内容など	原則として毎週金曜日、15：00-16：00予定。各学生が自らの研究の進展を発表し、参加者全員で討論を行う。	原則として毎週金曜日、16：00-16：30予定。状況により、NGSスーパーグループミーティング、およびNGSオフィスアワーへの参加との入れ替えも検討する。	集中
履修条件 Course prerequisite	なし	なし	なし
成績評価方法 Grading Criteria	「授業の到達目標」に挙げた各項目の達成度に基づいて評価する。すべての項目を達成していればB以上と判断する。いずれかの項目を積極的に行っていればA以上と判断し、特に優秀(上位10%)と判断されれば、A+と評価する。	「授業の到達目標」に挙げた各項目の達成度に基づいて評価する。すべての項目を達成していればB以上と判断する。いずれかの項目を積極的に行っていればA以上と判断し、特に優秀(上位10%)と判断されれば、A+と評価する。	「授業の到達目標」に挙げた各項目の達成度に基づいて評価する。すべての項目を達成していればB以上と判断する。いずれかの項目を積極的に行っていればA以上と判断し、特に優秀(上位10%)と判断されれば、A+と評価する。
学修時間の割り当て及び授業外における学修方法 Learning method	講義100％	演習（セミナー）　100％	実験・実習　100%
教材・参考文献 Textbook	特に定めない	特に定めない	資料を配付する
単位取得要件 Requirement to earn credit	単位取得要件：80％以上の出席。フィールドワーク等で参加できない場合は、プログレスレポートの作成による報告。	単位取得要件：80％以上の出席。フィールドワーク等で参加できない場合は、レポートの作成による報告。	単位取得要件：SBOが概ね達成されていること。
その他（受講上の注意点等） Notes	なし	なし	なし
他の授業科目との関連 Relation to Other Courses	ゲノム環境医学演習I / ゲノム環境医学演習II ゲノム環境医学実験実習I / ゲノム環境医学実験実習II	ゲノム環境医学特論I / ゲノム環境医学特論II ゲノム環境医学実験実習I / ゲノム環境医学実験実習II	ゲノム環境医学特論I / ゲノム環境医学特論II ゲノム環境医学演習I / ゲノム環境医学演習II

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