-NEWS-
2025/02/05 2024年度BINDSオンライン講座 創薬インフォマティクス基礎コース 資料配布について
2月6日(木),13日(木)にて開催する、BINDSオンライン講座 創薬インフォマティクス基礎コースの資料を配布いたします。
閲覧用パスワードは参加登録されたメールアドレスへお送りしております。
＜講義資料＞
第1回 2025年2月6日（木）13～16時 Ligand-Based Drug Discoveryコース：配布資料
第2回 2025年2月13日（木）13～16時 Structure-Based Drug Discoveryコース：配布資料
ダウンロード期限：2025年2月末日迄
ご不明な点があれば、当オンライン講座事務局(M-binds-cmb-ml(at)aist.go.jp)までご連絡ください。
2024/10/31 CBI学会2024年大会にて、D2 工藤玄己さんがベストポスター賞を受賞しました！
タワーホール船堀で開催されたCBI学会2024年大会にて、D2 工藤さんがBest Postar Awardを受賞しました。
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ポスター発表(P07-29): Automated Hit-to-Lead Optimization Using the SINCHO Protocol and ChemTS
presentator: Genki Kudo
発表に関連した出版済論文はこちらから⇒
doi: 10.1021/acs.jcim.3c02036.
CBI学会2024年大会HP
presentator: Genki Kudo
2024/10/25 CBI学会2024年大会にて、口頭/ポスター発表いたします。
10月28日からタワーホール船堀で開催されるCBI学会2024年大会にて、研究室から3件の発表を行います。
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SP03 スポンサードシンポジウム (10月30日(水) 14:00〜15:30): Hit-to-Lead方針予測手法:SINCHO法の実装と適用
presentator: 工藤玄己
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ポスター発表(P02-09):Computational assessment of the binding mode of Verteporfin, an inhibitor targeting the YAP-TEAD protein-protein interaction
presentator: Yurika Ikegami
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ポスター発表(P07-29): Automated Hit-to-Lead Optimization Using the SINCHO Protocol and ChemTS
presentator: Genki Kudo
CBI学会2024年大会HP
presentator: 工藤玄己
presentator: Yurika Ikegami
presentator: Genki Kudo
2024/07/26 BINDSユニット連携講習会が開催されます。
2024年11月15日(金)16：00-19:00より、2024年度BINDSユニット連携講習会が開催されます。
”講演2”として、本研究室の広川貴次教授が講演いたします。ぜひご参加ください。
詳細・参加登録は ⇨こちら⇦ から
2024/06/12 Scientific Resports誌に論文が掲載されました。
D2 工藤玄己さんの主著論文"Prediction of the binding mechanism of a selective DNA methyltransferase 3A inhibitor by molecular simulation."がScienrific Reports誌に掲載されました。オープンアクセスで閲覧可能です。⇒
doi: 10.1038/s41598-024-64236-9
2024/05/20 J. Chem. Inf. Model.誌に論文が掲載されました。
D2 工藤玄己さんの主著論文"Site Identification and Next Choice Protocol for Hit-to-Lead Optimization."がJ. Chem. Inf. Model.誌に掲載されました。オープンアクセスで閲覧可能です。⇒
doi: 10.1021/acs.jcim.3c02036
本論文内で開発したSINCHO法はGithubより利用可能です！
SINCHO Github
2024/03/26 M2平尾さんが博士前期課程を修了しました！
M2 平尾さんが人間総合科学研究群フロンティア医科学学位プログラム 修士過程を修了しました。
また、平尾さんは優秀論文賞、茗渓会賞を受賞しました！
卒業後は製薬企業に就職しながら、本研究室の博士後期課程に進学いたします。
平尾君おめでとう！
2024/03/25 日本薬学会第144年会にて、1件のポスター発表をいたします。
3月28日からパシフィコ横浜で開催される日本薬学会第144年会にて、D2池上さんがポスター発表いたします。
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一般ポスター発表(2024年3月30日(土) 13:30 〜 17:00 [ポスター会場] 展示ホールAB (1F))
30P-pm121S: YAP-TEADタンパク質間相互作用を標的とした阻害剤Verteporfinの結合様式に関するインシリコ解析
presentator: 池上有理香
日本薬学会第144年会HP
30P-pm121S: YAP-TEADタンパク質間相互作用を標的とした阻害剤Verteporfinの結合様式に関するインシリコ解析
presentator: 池上有理香
2024/03/13 第11回 CBI若手の会講演会にて、M2平尾さんが講演します。
第11回 CBI若手の会講演会にて、M2の平尾さんが講演者の一人として発表いたします。
日時：3月14日(木) 13:30-13:55
タイトル：Application of Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics for generating virtual screening models
2024/1/22 「あなたのラボから薬を生み出す アカデミア創薬の実践」が出版されました。
「あなたのラボから薬を生み出す アカデミア創薬の実践 All JAPAN体制の先端技術支援を利用した創薬の最前線」が羊土社より出版されました。
本研究室より広川教授が
"第2章 6. 標的タンパク質構造情報にもとづいたin silico創薬分子設計"
の執筆を担当しました。
創薬研究で使用されるin silico技術や本研究室で取り組むプロジェクトについて解説しています。
2023/12/12 J. Chem. Inf. Model.誌に論文が掲載されました。
D1工藤さんと東京工業大学 柳澤助教の主著論文"AAp-MSMD: Amino Acid Preference Mapping on Protein-Protein Interaction Surfaces Using Mixed-Solvent Molecular Dynamics."がJ. Chem. Inf. Model.誌に掲載されました。オープンアクセスで閲覧可能です。⇒
doi: 10.1021/acs.jcim.3c01677
共同研究：東工大 秋山研究室(HP)
2023/10/26 CBI学会2023年大会にて、M2 平尾巧さん、D1 工藤玄己さんがポスター賞を受賞しました！
CBI学会2023年大会にて、M2 平尾さんとD1 工藤さんがExcellent Postar Awardを受賞しました。
P08-15 Application of Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics for generating virtual screening models(平尾さん)
P02-11 Comprehensive structual analysis of PROTAC mediated ternary complexes using enhanced conformational sampling methods(工藤さん)
2023/10/20 CBI学会2023年大会にて、口頭/ポスター発表いたします。
10月23日からタワーホール船堀で開催されるCBI学会2023年大会にて、吉野助教、M2 平尾さん、D1 工藤さんの3名が発表いたします。
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口頭発表(O05-03, 10/25 13:30~): Conformation Search of Ternary Complexes for Rational PROTAC Linker Design Using Enhanced Sampling Method
presentator: Ryunosuke Yoshino
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ポスター発表(P02-11): Comprehensive structual analysis of PROTAC mediated ternary complexes using enhanced conformational sampling methods
presentator: Genki Kudo
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ポスター発表(P08-15): Application of Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics for generating virtual screening models
presentator: Takumi Hirao
CBI学会2023年大会HP
presentator: Ryunosuke Yoshino
presentator: Genki Kudo
presentator: Takumi Hirao
2023/09/20 2023年度 創薬インフォマティクス基礎コース 資料配布について
9月21日(木),28日(木)にて開催する、BINDSオンライン講座 創薬インフォマティクス基礎コースの資料を配布いたします。
閲覧用パスワードは参加登録されたメールアドレスへお送りしております。
＜講義資料＞
第1回 2023年9月21日（木）13～16時 Ligand-Based Drug Discoveryコース：配布資料
第2回 2023年9月28日（木）13～16時 Structure-Based Drug Discoveryコース：配布資料
ダウンロード期限：2023年10月末日迄
ご不明な点があれば、当オンライン講座事務局(M-binds-cmb-ml(at)aist.go.jp)までご連絡ください。
2023/08/24 創薬インフォマティクス基礎コースを開催いたします。
9月21日(木),28日(木)にて、BINDSオンライン講座 創薬インフォマティクス基礎コースを開催いたします。
日 時： 第1回 2023年9月21日（木）13～16時 Ligand-Based Drug Discoveryコース
第2回 2023年9月28日（木）13～16時 Structure-Based Drug Discoveryコース
講 師： 広川貴次（筑波大学医学医療系教授）
コース概要：
Ligand-Based Drug Discoveryコース
分子表現・構築方法（線形表記、二次元構造、三次元構造、ファルマコフォア）、
構造検索方法（フィンガープリント、類似性指標）、記述子およびデータ解析
Structure-Based Drug Discoveryコース
ドッキング計算方法、ポストドッキング計算、プレドッキング計算、
創薬活用のための分子シミュレーション技術、バーチャルスクリーニング方法
受講対象者：
・創薬インフォマティクスを体系的に習得、業務に活用したい方。
・インシリコ研究者と共同研究するにあたり、インシリコの基礎を把握しておきたい方。
・本コースの内容は、ライフサイエンス系学科の３年～大学院生、およびメディシナルケミストリ―研究者向けレベルを想定しています。
・BINDS課題関係者、支援申請者の方々の参加も歓迎いたします。
形 式： Zoom Webinar（各コース、定員300名程度）
参加費： 無料 (参加方法は、参加登録してくださった方にメールでご案内します。)
参加登録はこちらから⇒ 参加登録フォーム（登録期間… 第1回: 9月18日(月)迄 第2回: 9月25日(月)迄）詳細はこちらから⇒ 開催概要(AMED-BINDS HP)
2023/07/12 ACS Omega誌に論文が掲載されました。
吉野助教の主著論文"Discovery of a Hidden Trypanosoma cruzi Spermidine Synthase Binding Site and Inhibitors through In Silico, In Vitro, and X-ray Crystallography."がACS Omega誌に掲載されました。オープンアクセスで閲覧可能です。⇒ doi: 10.1021/acsomega.3c01314
2023/06/25 第23回蛋白質科学会年会にて、学生2名がポスター発表いたします。
7月5日から名古屋国際会議場で開催される第23回蛋白質科学会にて、M2 平尾さんとD1 工藤さんがポスター発表いたします。
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1P-059: Identification of Binding Site on Olfactory Receptor and Application for in silico Screening Model with Computational Studies
presentator: Takumi Hirao
- 1P-060: Structure-based Ligand Growth Site Prediction for Hit to Lead Optimization
presentator: Genki Kudo
蛋白質科学会年会HP
presentator: Takumi Hirao
presentator: Genki Kudo
2023/06/21 学生・スタッフ募集中！
広川研では、一緒に研究する学群生、大学院生、学振PD等を募集しております。 詳細はこちら
2023/04/22 Bioinformatics誌に論文が掲載されました。
D1 工藤さんの主著論文"Pocket to concavity: a tool for the refinement of protein-ligand binding site shape from alpha spheres."がBioinformatics誌に掲載されました。オープンアクセスで閲覧可能です。⇒ doi:10.1093/bioinformatics/btad212