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Innovative Research for Important Problems

English / 日本語

村谷匡史 (医学医療系・教授)
Lindsay Rutter
(日本学術振興会外国人特別研究員)
学生
藤田晋一郎
(生命システム医学専攻)
Ong Dang Quang
(生命システム医学専攻・国費留学生)
山川大地
(疾患制御医学専攻)

Thế Vinh Nguyn (フロンティア医科学専攻・国費留学生)
Nailil Husna
(フロンティア医科学専攻・LPDP Scholar)
Aness Kouar
(研究生、国費留学生)

村谷匡史

筑波大学の生物学類を20003月に卒業後、大学院(米国)、ポスドク(英国)、セカンドポスドク(シンガポール)の長期留学を経て20142月に帰国しました。これまで、研究材料としては出芽酵母、培養細胞、幹細胞、マウス、臨床検体を扱い、それぞれの系での多様な実験手技を学び、ゲノミクスデータのインフォマティクス解析や民間企業との共同研究なども通して幅広い経験を積んできましたが、「遺伝情報が必要な時に必要な場所で、正確に読み出される仕組み」を一貫して研究しています。
桐医会会報にご挨拶を書かせていただきました。リンクの18ページです。

学歴
2005
年 Ph.D. コールドスプリングハーバー研究所ワトソンスクールオブバイオロジカルサイエンス
2000年 学士   筑波大学第二学群生物学類

職歴
2005-2008年 キャンサーリサーチUK ロンドン研究所 リサーチフェロー
2006年    日本学術振興会海外特別研究員 
2006-2008年 ヒューマンフロンティアサイエンスプログラム ロングタームフェロー
2008-2014年 シンガポールゲノム研究所 リサーチアソシエイト
2014-2019年 筑波大学医学医療系 准教授
2018-   LSIメディエンス社(筑波大学、クロスアポイントメント制度)シニアリサーチフェロー
2018-       ロボティック・バイオロジー・インスティテュート社 リサーチアドバイザー
2019-       筑波大学医学医療系 教授
2020-       Universitas Indonesia, Faculty of Medicine, 客員教授

主な業績

Muratani M, Deng N, Ooi WF, Lin SJ,.... Tan P. Nanoscale chromatin profiling of gastric adenocarcinoma reveals cancer-associated cryptic promoters and somatically acquired regulatory elements. (2014) Nature Communications. 5, 4361.

Kumar V, Muratani M, Rayan NA, Kraus P, Lufkin T, Ng HH, Prabhakar S. (2013) Insights from uniform, optimal signal processing of next-gen tag profiles. Nature Biotechnology. 31(7), 615-22.

Ng JH*, Kumar V*, Muratani M*, Kraus P, Yeo JC, Yaw LP, Xue K, Lufkin T, Prabhakar S, Ng HH. (2013) In vivo epigenomic profiling of germ cells reveals germ cell molecular signatures. Developmental Cell. 24(3), 324-33.

Wang X, Muratani M, Tansey WP, Ptashne M. (2010) Proteolytic instability and the action of nonclassical transcriptional activators, Current Biology. 20(9), 868-71.

Muratani M, Kung C, Shokat KM, Tansey WP. (2005) The F box protein Dsg1/Mdm30 is a transcriptional coactivator that stimulates Gal4 turnover and cotranscriptional mRNA processing. Cell. 120(6):887-99.

Muratani M, Tansey WP. (2003) How the ubiquitin-proteasome system controls transcription. Nature Reviews Molecular and Cellular Biology, 4(3), 192-201.

Muratani M*, Gerlich D*, Janicki SM, Gebhard M, Eils R, Spector DL. (2002) Metabolic-energy-dependent movement of PML bodies within the mammalian cell nucleus. Nature Cell Biology. 4(2):106-10.

藤田晋一郎

高校・大学までは卓球に全力を注いでいました。現在は、次世代シーケンス解析と宇宙医学・生命科学に興味を持ち、村谷研究室ではバイオインフォマティクス解析を用いた宇宙環境応答バイオマーカー候補の同定をテーマにしています。村谷研究室は次世代シーケンス解析を用いた共同研究や解析サービスを行っているため、自身の研究のみならず民間企業や他の研究室の先生とのディスカッション等の機会があり、幅広い分野の知識に触れることができます。また、留学生が多いため英語をほぼ共通言語としており、日本にいながら海外留学しているような経験ができることもポイントです。日々新しいこと学ことができ、楽しく成長させてもらっています。







主な業績

Fujita SI, Rutter L, Ong Q, Muratani M. (2020) Integrated RNA-seq Analysis Indicates Asynchrony in Clock Genes between Tissues under Spaceflight. Life. 10(9):E196.

Yoshida K, Maekawa T, Ly NH, Fujita SI, Muratani M, Ando M, Katou Y, Araki H, Miura F, Shirahige K, Okada M, Ito T, Chatton B, Ishii S. (2020) ATF7-Dependent Epigenetic Changes Are Required for the Intergenerational Effect of a Paternal Low-Protein Diet. Mol Cell. 78(3):445-458.e6.

Horie K, Sasanuma H, Kudo T, Fujita SI, Miyauchi M, Miyao T, Seki T, Akiyama N, Takakura Y, Shimbo M, Jeon H, Shirakawa M, Shiba D, Yoshida N, Muratani M, Takahashi S, Akiyama T. (2019) Down-regulation of GATA1-dependent erythrocyte-related genes in the spleens of mice exposed to a space travel. Sci Rep. 9(1):7654.

 

Ong Dang Quang

I got my Bachelor and Master degrees in Biotechnology at International University of Ho Chi Minh city, Vietnam. At start, my research interests include investigating disease genomics, simulating proteins interaction, and screening for potential drugs using bioinformatics approach. Since 2017, I have enrolled in PhD program in Biomedical Sciences at Tsukuba University (Japan) under MEXT scholarship. My PhD project is using integrative RNA-seq and ChIP-seq analysis for clinical Japanese lung cancer patients. This is the pilot study as we examine the work-flow of analysis on clinical samples isolated by laser captured micro-dissection (LMD) machine. We proposed to give better gene expression and epigenomic signal from purer disease samples isolated by LMD. One of my goals is to identify potential SNPs or somatic mutations occurred at the chromatin regulatory regions that associate with lung cancer development and progression. This project is a collaboration with Pathology department of Tsukuba University Hospital.


Thế Vinh Nguyn

I graduated at Vietnam national university Ho Chi Minh city - university of science in Biotechnology. I worked as technician at Center for Molecular and Biomedicine, Ho Chi MInh University of Medicine and Pharmacy for 6 years. From 2019, I have been studying Master degree in University of Tsukuba about Medical Sciences. My goal is become scientist in Genome Biology.



主な業績

Do, M. D., Le, L. G. H., Dang, T. N., Nguyen, N. H., Vu, H. A., & Mai, T. P. (2020). High-Resolution HLA Typing of HLA-A,-B,-C,-DRB1, and-DQB1 in Kinh Vietnamese by Using Next-Generation Sequencing. Frontiers in Genetics, 11, 383.

Nailil Husna

Naili is a new member joined to the lab in 2020 April. She did undergraduate study in biological sciences, Universitas Gadjah Mada in Indonesia.She works on data mining, analysis and visualization to help resource allocation in genomics-related R&D and helthcare. Her study is supported by LPDP, Indonesian scholarship.








筑波大学医学医療系
ゲノム生物学教室

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