医科学の基礎科目の履修とともに、修士論文を作成するための研究活動も教育の一環としてきわめて重視されます。
学生は本専攻に属する教員が主宰する80の研究指導グループのうちのいずれかに属して高度の研究を行うため2年間修士論文研究を行います。学生には、在学中の2年間籍を置く研究指導グループを入学の時点で選択し、明確な研究目標をもつことが要求されます。
学会発表、原著論文発表
研究活動で成果が得られると、その成果を研究分野の専門家が集まる学会・研究会で、また原著論文（多くの場合は英語）として発表します。例年多くの学生が国内外の学会で研究成果の発表を行っています。なかには筆頭著者として原著論文を出す学生もいます。授業科目の履修だけでなく、修士論文教育の過程を通じて、プレゼンテーション能力、英語力を高める必要があります。
修士論文審査
中間審査（1年次後半～2年次）
学生一人あたり、一名の主査、二名の副査が選任されます。学生は個別に審査を受け、研究結果について議論し、今後の研究方針についてアドバイスを受けます。
修士論文提出（2年次、1月）
修士論文をまとめて、提出します。
最終審査（2年次、1月～2月）
多くの学生、研究員、教員の前で研究成果を発表します。主査、副査による最終審査会が開催され、修士論文の合否が決定されます。
優秀論文賞
修了者の中から、講義と研究論文の成績、及び業績を元に優秀論文賞が選定され、修了式の際に表彰されます。